まず、大前提として、求めたいのは「国民が１年間で本当に生み出した価値」についてです。
「価値」というと捉え所がない感じですが、経済学では「価格」という形で捉えます。
つまり、（偽物であったとしても）販売価格108円の物を作れば、「108円の価値が生み出された」と捉えます。

で、この商品価格（これの合計が国民総生産・純生産）ですが、これは ‘本来の価格’ に間接税分（＝消費税）が上乗せされ、補助金の分だけ値引きされていると捉えます。

先ほどの例だと、108円は、本来100円の物として生産されたと捉えます。たしかに108円分の取引があった（＝国民総生産または国民純生産）わけですが、本当の意味での生産額（＝国民所得（狭義））としては100円ではないのか？ということです。
さらに、例えば2円分の補助金があったならば、本来は102円で、そこから2円分値引きされていると捉えるのです（100円に対して、2円分を足し戻す）

というわけで、国民純生産から ‘本来の生産額’ を求めたい時、上乗せされた分を引き戻し、値引きされた分を足し戻せばいいことになります。ですので、間接税分を引いて、補助金の分を足すのです。

なお、国民総生産や国民純生産は「市場価格表示の国民所得」、国民所得（狭義）は「要素費用表示の国民所得」とも呼ばれます。

 
さて、これを踏まえて、直接税を引かない理由について。
直接税（所得税や法人税など）は、販売価格に上乗せされたものではなく、企業や個人の所得から政府が徴収するものです。これは、単にお金の所有者が移転しただけのものであって、もともとは国民が生み出した付加価値に由来するものです。
国民所得は大前提として「国民が１年間で本当に生み出した価値」のことですので、直接税の分まで引いてしまってはいけないのです。（間接税は本来の価格に上乗せされたものなので引く）