もし公式などを「丸暗記」するのであれば、ノートに「体系的に」まとめて、それを何度も見返せばいいですが（社会であれば有効）、
「数学」に関することですので、最優先すべきことは「こういうときにはこれを使う」という反応ができるかどうか、ということです。

ですので、原則としては「問題集を（反復して）解く中で、気付けば全部を覚えていた」という進め方をしてください。
問題集をベースにすべきなのは、基本的な問題パターンが網羅されていて、「こういうときにはこれを使う」というのをすでにピックアップしてくれているためです。

メリハリをつけるという意味で、例えば「今は円のことをしている」くらいのことを念頭に置くのは構いませんが、
インプットの段階で「体系的な整理・理解」を意識しすぎるとかえって効率は悪くなると思います。

※「公式等が習得できていないというのは、単純に問題集の反復が足りていないだけだった」というのもよくあるパターンです
 
 
また、平面幾何の公式とリンクの件ですが、「図形と方程式」の単元は、原則として「図形」の知識を知っている上で、という上位の単元ですので、
こちらも変に意識的なリンクを行うというよりは、問題集で「図形と方程式」の問題を解きながら「ここではこういう図形知識を使えばいいのか」という事例を増やしていき、「気付けば両者のリンクができていた」というような状態に持っていった方がいいです。