〔詳細〕
まず、会計についてはストック（ある時点でどうなのか。資産と負債）と、フロー（一定期間内での動き。収入や支出のイメージ）の両面で捉えます。これは企業の会計でも同様です。
具体的には、「今年の元日時点で100万円の貯金がある」というようなことがストック、「今年１年間でバイトで10万円もらった」というようなことがフローです。

このとき「今年の終わり時点」におけるストックは「貯金が110万円」になっているわけですが、注目してもらいたいのは「ストックの増減」というのは「その期間のフロー」が原因になっているということで、
「バイト給料10万円（フロー）」＝「貯金増加10万円（ストックの増減）」という見方ができるわけです。
この式を単純に移項すれば 10－10＝0 となりますが、要はこれが経常収支のカウントの仕方で、「海外から儲けた内容」＝「金融資産の増減（金融収支）」として見ていた、という話です。

一方の直接投資の場合については、例えば「20万円分の株を、20万円の現金を渡して受け取る」というようなことを行います。
つまり、元々「貯金100万円」だったのが「貯金80万円と株20万円」になるという「資産の内訳が変わるだけで、資産全体の増減はない（フロー上のやり取りがない）」という取引です。
ですので、「フロー0」＝「ストックの増減0（株の増加分20－現金の減少分20でトータルでは0）」というような話になる、というものです。

なお、「なら、どうせ±0になるなら、そもそも無視でいいのでは？」と思うかもしれませんが、それだと「実際に20万円の直接投資が行われた」という記録がどこにも残らないことになってしまいます。