〔質問〕

「あの学校では日本語と英語を教えます。」という英作文で質問です。
解答では、in that school になってますが、場所を表す at the school になると思うのですが、いかがでしょうか

〔回答〕

in that school
学校内で行われている活動やカリキュラムに焦点を当てる。
「その学校の教育の中で」といったニュアンス。

at that school
学校という物理的な場所を強調し、その場所での出来事を指す。
「その学校という場所で」といったニュアンス。

という感じです。

今回の場合、学校で教える内容（日本語と英語）に焦点があるので、”in that school” の方が自然かなと思います。