I wish I had a little sister.　（私に妹がいればいいのに。）

I wish のうしろが、仮定法の部分ですので、動詞の過去形 had が使われています。
（今思っていることなのに、過去形を使っている）
 
 
（２）未来に対する願望を表す would
「I wish ＋[主語]’＋would＋do～.」の形で、「（この先）～ならいいのに」という意味になります。

I wish my father would buy me a new watch.　（お父さんが新しい腕時計を買ってくれたらいいのに。）

この表現は、「実現の可能性が低い未来に対する希望」を表すことができます。
なので、「買ってはくれないだろうけど、、、」というニュアンスになっています。

＜その他の例文＞

I wish it were not raining.　
「雨が降ってなければいいのに。」

I wish my daughter were here.
「娘がここにいてくれればいいのに。」

＜まとめ＞

・「I wish ＋〔仮定法の文〕～.」で「～だったらいいのに」という意味
・「I wish ＋[主語]’＋would＋do～.」の形で、「（この先）～ならいいのに」という意味
・仮定法では、現在のことでも（あえて）過去形で表す