I have seen the movie three times.　（私はその映画を(今までに)３回見たことがある。）

この用法のポイントは「その回数や頻度」を表すことばと一緒に使われることが多い、ということです。
（単純に「１回だけやった」のなら、過去形とあまり変わらない）

【回数や頻度を表す語句】
・once：１回 / twice：２回
・[数] times：[数]回（この[数]には、3以上のものが入る）
・many times（何回も）

・before：以前に
・sometimes：ときどき
・often：しばしば
 
 
（２）have been to 〜
〔[主語] have been to 〜〕の形で、「〜へ行ったことがある」という意味になります。
（[主語]が３人称単数の場合は、has been to となる）

He has been to Hokkaido twice.　（彼は北海道へ２回行ったことがあります。）

なお、ふつう「行く」という意味は go を使いますが、これを使って現在完了形をつくると意味が変わってきますので、注意しましょう。

He has gone to Hokkaido.　（彼は北海道へ行ってしまった。）

この意味からも分かるように、「have gone to 〜」は「〜へ行ってしまって、今はここにいない」というニュアンスとなります。注意しましょう！
 
 
（３）ever と never
現在完了形の疑問文で、ever を使うと「これまでに」という意味を表し、

Have [主語] ever [過去分詞形]〜?：[主語]はこれまでに〜したことはありますか？

という文になります。

また、経験用法（〜したことがある）において、never を使うと、「（一度も）〜ない」という意味になります。

I have never seen such a beautiful car.　
（私は（一度も）こんな美しい車を見たことがない。）

つまり、never を使うときには、not を使わないということです。

また、not を使って、
I haven’t seen such a beautiful car.
と書いても、間違いではありませんが、ふつう never を使うことが多いです。

＜その他の例文＞

How many times have you seen this movie?
「あなたは何回この映画を見たことがありますか。」

Bob has never climbed Mt. Fuji.
「ボブは一度も富士山に登ったことがない。」

＜補足＞

上の説明のように、「have not」を使っても、「never」を使っても「〜したことがない」という意味を表すことができます。

これらの違いは、「never」を使った方が「強い否定」を表すということです。
（never を使うと、「〜したことがない」ということを強調している、ということ）

＜まとめ＞

・現在完了形を使う文で、「（今までに）〜したことがある」となるものを経験用法という
・〔[主語] have been to 〜〕：〜へ行ったことがある
・Have [主語] ever [過去分詞形]〜?：[主語]はこれまでに〜したことはありますか？