〔質問〕

Birds fly. という単純な文についてですが、この文は、「鳥は飛ぶものだ」的な真理・事実を表すのか、「鳥たちが（今）飛んでいる」という動作を表すのかどっちですか？

〔回答〕

まず、まさに「鳥たちが（今）飛んでいる」だと現在進行形になりますので、「現在の習慣」として Birds fly. がありえるのかを検討する必要があります。

ただ、「習慣」の場合、見方を変えれば「その習慣が止まる可能性もある」わけですので、不特定多数の鳥に関してそういう状況はなかなか無いように思います。
（そういう状況がありえるなら構いませんが）

ですので、Birds fly. だけで言えば、「真理・事実」で解釈する方が自然だと思います

※ なお、The Birds fly. のように、限定された鳥だけのことについてなら、「現在の習慣」もありえると思います。