〔質問〕

I thought I had met Kate in London in 1990. という文では、なぜ完了形になっているのですか？
1990年という過去の一点なので、普通の過去形にならないのですか？

〔回答〕

「過去の過去」（大過去）を表現する場合は過去完了形を用います。
今回の場合、meet したのは、thought の時点よりもさらに前のことですので、大過去として過去完了形が用いられています。

もしくは、
一旦、I think I met Kate in London in 1990. という、「think が『今』なら」の文を考えた上で、「全体的に時制をずらす」（現在形 → 過去形に、過去形 → 過去完了形に）という発想でも構いません。