Are they busy?　「彼らは忙しいですか？」　となります。

肯定文では「[主語]＋[be動詞]～」となっている語順を、
疑問文では「[be動詞]＋[主語]～?」とするわけです。
つまり、語順を入れ替えて、?で終わるということです。

なお、主語が they の場合は、文脈から「彼ら」「彼女ら」「それら」のどの意味になるのかを読み取る必要があります。
特に、何もなければ（ふつう）「彼ら」で訳してもらって大丈夫です。
 
 
（２）（Are they ～?に対する）答え方は「Yes, they are. / No, they aren’t.」
Are they busy?　「彼らは忙しいですか？」
という文に対する答え方は、

Yes, they are.　「はい、そうです。」
No, they are not.　「いいえ、違います。」

「Yes か No で」まずは答えて、否定文の場合には not をつけます。

また、No, they are not.　の代わりに、

・No, they’re not.
・No, they aren’t.

と答えても構いません。（どれも意味は同じ）
 
 
（３）「you」には「あなたたち」という意味もある
「you」は、「あなた」「あなたたち」という２つの意味があります。
つまり、一目見ただけでは「一人（あなた）」か「二人以上（あなたたち）」なのかが判断がつかないということです。
Are you from Tokyo?　という文は、
①「あなたは東京出身ですか？」（単数）
②「あなたたちは東京出身ですか？」（複数）
のどちらの意味でも通じてしまいます。

そのため、前後の文脈から判断して、
①「あなたは東京出身ですか？」（単数）の場合は、
Yes, I am. / No, I’m not.

②「あなたたちは東京出身ですか？」（複数）の場合は、
Yes, we are. / No, we aren’t.

と答えの「文の主語が変わる」のです。

どちらの意味になるのかは、その都度確認しながら読み進めましょう。

＜その他の例文＞

Are Ken and Toshi tall?
「ケンとトシは背が高いですか？」

Yes, they are.
「はい、そう（背が高い）です。」

＜補足＞

上の例文のように、「[人の名前]を表す語であったとしても、二人以上が主語になる」場合は、
they を使って答えることになります。

＜まとめ＞

・Are they ～?　「彼ら[彼女ら・それら]は～ですか？」
・（Are they ～?に対する）答え方は「Yes, they are. / No, they aren’t.」
・「you」には「あなたたち」という意味もある