助動詞 + have done は 現在から見た、過去に対する推量、後悔、非難 を表します。
（ 助動詞 の直後にある have done は 現在完了形 とは関係がありません ）

< 過去に対する推量 >
過去に対する推量を表すものを例文を用いて説明していきます。

① must + have done
must + have done は 「〜したに違いない」 を意味します。

I must have left my mobile phone on the train this morning.
「私は今朝電車に携帯電話を置き忘れたに違いない」

② cannot + have done
cannot + have done は 「〜したはずがない」 を意味します。

He cannot have made such a mistake.
「彼がそんな間違いをしたはずがない」

③ may + have done
may + have done は 「〜したかもしれない」 を意味します。

I may have left the key at home.
「私は家に鍵を置き忘れたかもしれない」

④ should + have done / ought to + have done
should + have done / ought to + have done は 「〜したはずだ」 を意味します。

She should have arrived home by now.
「彼女は今頃までにもう家に着いたはずだ」

< 過去に対する後悔、非難 >
過去に対する後悔、非難 を表すものを例文を用いて説明していきます。

① should + have done / ought to + have done
should + have done / ought to + have done は 「〜すべきだったのに（実際は〜しなかった）」 を意味します。

He should have taken my advice.
「彼は私の忠告を聞くべきだったのに」

② needn’t + have done
need + have done は 「〜する必要はなかったのに（実際は〜した）」 を意味します。

We needn’t have hurried.
「私たちは急ぐ必要はなかったのに」

＜その他の例文＞
He cannot have been there.
「彼がそこにいたはずがない」

I needn’t have worried.
「心配する必要はなかったのに」

＜補足＞
should + have done や ought to + have done には２つの意味があります。
①「〜したはずだ」
②「〜すべきだったのに（実際〜しなかった）

① か ② の判断は文脈で判断する必要があります。

また、② の意味は否定文で使うこともできます。
should not + have done / ought not to + have done 「〜すべきでなかったのに（実際〜した）」

He should not have bought that house.
「彼はあの家を買うべきではなかったのに」

＜まとめ＞
・助動詞 の直後に have done が続く
・助動詞 + have done は 過去に対する推量、後悔、非難 を表す
・助動詞には must / may / cannot / should などが使われる
・should［ ought to ］+ have done には２つの意味がある