強調構文は、強調したい語句を It is と that で挟んだ文のことです。
疑問詞を強調する場合は、次のように考えていきましょう。

Who broke the window? 「誰が窓を割ったのか」
強調構文は強調する語を It is と that で挟むわけですから、It was who that broke the window? になりそうですが、疑問詞を使った疑問文は　疑問詞を文頭に置く ので Who was it that broke the window? になります。（ 疑問詞 の後ろは 疑問文の語順になる ので、Who it was that 〜？ ではなく、Who was it that 〜？ になります ）

使う疑問詞によって that の後ろにくる文が 完全文 か 不完全文 かに分かれます。
< 疑問詞 is it that + 不完全文 〜？ >
Who is it that + 不完全文　〜？
What is it that + 不完全文　〜？
Which is it that + 不完全文　〜？
Whose 名詞 is it that + 不完全文　〜？

< 疑問詞 is it that + 完全文 〜？ >
When is it that + 完全文　〜？
Where is it that + 完全文　〜？
Why is it that + 完全文　〜？
How is it that + 完全文　〜？

Why was it that John broke up with her?
「ジョンが彼女と別れたのは一体なぜだったのですか」

間接疑問文 とは 疑問詞 + 肯定文の語順 のカタマリで 主語や目的語に使うことができます。
who broke the window が know の目的語になっています。

そしてこの間接疑問文である who broke the window を強調構文にすると who it was that broke the window になります。

I don’t know who it was that broke the window.
「窓を割ったのが一体誰なのかわかりません」

間接疑問文であるので、who it was that broke the window と 疑問詞 + 肯定文の語順 になっています。