wherever + S V 〜 は副詞節 をつくり 「〜するところならどこでも」 という意味になります。
副詞節をつくる（副詞と同じ役割をする）ということで、文中で「主語・目的語・補語・前置詞の後ろ」の位置では使えないということになります。（副詞節は動詞や文全体を修飾します）

Please sit wherever you like. は wherever you like が Please sit を修飾しています。
文（正確には節）としては、「座って下さい」で完成していますが、それに対して「好きなところならどこにでも」というのを付け加えている、という構造です。

また、wherever の後ろの部分（you like）は完全文になっています。
※ 一見、you like は like の目的語がない不完全文に見えますが、この場合は wherever you like to sit の to sit が省略されたものなので完全文となります。
（※ 完全文・不完全文についてはこちら）
 
 
なお、wherever + S V 〜 は at / in / to any place + S V 〜 に置き換えることができます。
Please sit wherever you like.
＝Please sit at any place you like.

＜その他の例文＞
I will take you wherever you want to go.
「あなたの行きたいところならどこへでも連れていきますよ」

I’ll follow you wherever you go.
「あなたが行くところならどこへでも、私はあなたについて行きます」

＜補足＞
wherever + S V 〜 は ①「〜するところならどこでも」以外に、②「たとえどこで〜しても」「たとえどこへ〜しても」という訳し方もあります。どちらで訳すかは文脈によって判断する必要があります。

Wherever I am, I think of you. 「たとえどこにいても、あなたのことを考えます」

この ②「たとえどこで〜しても」「たとえどこへ〜しても」を意味する wherever + S V 〜 については、no matter where + S V 〜 に置き換えることができます。
Wherever I am, I think of you.
＝No matter where I am, I think of you.

＜まとめ＞
・副詞節のカタマリをつくる
・wherever の後ろは完全文が続く
・wherever は at / in / to any place where に置き換えられる