whenever + S V ～ は副詞節のカタマリをつくり 「～するときはいつでも」 という意味になります。
副詞節をつくる（副詞と同じ役割をする）ということで、文中で「主語・目的語・補語・前置詞の後ろ」の位置では使えないということになります。（副詞節は動詞や文全体を修飾します）

You can come whenever you want to come. は whenever you want to come が You can come を修飾します。
文（正確には節）としては「あなたは来ていい」で完成していますが、それに対して「来たいときはいつでも」というのを付け加えている、という構造です。

また、whenever の後ろの部分（you want to come）は完全文になっています。
（※ 完全文・不完全文についてはこちら）
 
 
なお、whenever + S V ～ は (at) any time + S V ～ に置き換えることができます。
You can come whenever you want to come.
= You can come (at) any time you want to come.

＜その他の例文＞
You may leave whenever you like.
「好きなときにいつでも帰ってかまいません」

Come and see me whenever you are in Osaka.
「大阪にいるときはいつでも私に会いに来てください」

＜補足＞
whenever + S V ～ は「～するときはいつでも」以外に「たとえいつ～しても」という訳し方もあります。どちらで訳すかは文脈によって判断する必要があります。
「たとえいつ～しても」を意味する whenever + S V ～ は no matter when + S V ～ に置き換えることができます。

＜まとめ＞
・副詞節のカタマリをつくる
・whenever の後ろは完全文が続く
・whenever は (at) any time に置き換えられる