〔質問〕

The tree in the garden was blown down in the typhoon.という英文において、byではなく、inが使われている理由を教えてください。

〔回答〕

まず、勉強方法だけのことであれば、高校英語で特にそうですが、「語法」と呼ばれる「各単語ごとの使い方」を覚えていく必要があります。
その背景までをきちんと覚えていくのは大変ですので、そこは暗記と割り切って、「blown down の場合は in で」というような覚え方をする（実際にネイティブがそう使っているのだから仕方ない）、という感じです。

それを踏まえた上で、
この場合の in は「そういう状況で」という感じの使い方のようで、
一方、by でも間違いではないですが、行為者を強調するような感じで、「台風によって」の部分が強く出てくるようです