例えば、形容動詞「きれいだ」の場合、「きれいな」にすれば「花」とかに続けることができ、かつ、名詞（「花」）の様子などを表すことができますが、
一方の「名詞＋だ」の場合、「本だ」に対して「本な～」という言い方はできませんので、形容動詞ではない、という判断になります。

今回の「疑問だ」の場合、基本的に「疑問な～」という言い方ができない（＝連体形をとれない）ため、「名詞＋助動詞だ」ということになります。
たしかに「疑問な行動」のような言い方ができるような気もしますが、文法的には誤りで、これも正確には「疑問を感じる行動」とかになります。
 
 
なお、形容詞と形容動詞の区別は言い切りの形（終止形）で判断してください。
「美しい」のように「い」で終わるなら形容詞、
「きれいだ」のように「だ」で終わるなら形容動詞です。