it is time S + 過去形 〜 は 「〜する頃だ」 を意味する表現です。it is time に続く文が S + 過去形 〜 になるのは、仮定法過去によるものです。仮定法過去とは「現在の事実に反する内容」を表すものです。

今回の例文の It is time you got up.「起きる頃ですよ」と言われたあなたは、実際には「今は起きていない」状況のはずです。つまり「今は起きていない」という現在の事実に反する内容が「起きる」ということになり、仮定法過去で表すことになるわけです。仮定法では現在の内容を過去形で表現しますので、It is time you got up. という英文になります。

このことを理解して、it is time S + 過去形 〜 と覚えておきましょう。

＜その他の例文＞
It’s time you went to bed.
「寝る頃ですよ」

It’s time you left home.
「家を出る頃ですよ」

＜補足＞
「it is time S + 過去形 〜 は」it is about time S + 過去形 〜」や「it is high time S + 過去形 〜」と表されることもあります。意味は以下の通りです。

it is about time S + 過去形 〜 「そろそろ〜する時間だ」
It is about time you got up.
「そろそろ起きる時間です」

it is high time S + 過去形 〜 「とっくに〜する時間だ」
It is high time you got up.
「とっくに起きる時間だ」

＜まとめ＞
・it is time S + V 〜「〜する頃だ」
・it is time に続く文は「S + 過去形」になる
・「仮定法過去」としての表現。実際にはまだそうではないため

・it is about time S + 過去形 〜「そろそろ〜する時間だ」
・it is high time S + 過去形 〜「とっくに〜する時間だ」